Kể từ tháng 4 năm 1987, quân Trung Quốc giảm quy mô các hoạt động quân sự tại Việt Nam, dù quân của họ tiếp tục tuần tra tại Lão Sơn và Giả Âm Sơn. Từ tháng 4 năm 1987 tới tháng 10 năm 1989 họ chỉ tiến hành 11 cuộc tấn công, chủ yếu là pháo kích. Tới năm 1992, Trung Quốc chính thức hoàn tất việc rút quân khỏi Lão Sơn và Giả Âm Sơn.[12]

Trung Quốc dần thực hiện việc rút quân khỏi các vị trí đã chiếm đóng của Việt Nam trong thời gian trước. Từ năm 1989, Trung Quốc rút khỏi một số điểm ở phía bắc suối Thanh Thủy. Ngày 13 tháng 3 năm 1989, họ rút khỏi 20 vị trí và đến tháng 9 năm 1989, họ rút khỏi 9 điểm còn lại. Tại Cao điểm 1509 mà Trung Quốc gọi là Lão Sơn (lưu ý có 2 cao điểm cùng tên là 1509, 1 mỏm thuộc Việt Nam và 1 thuộc Trung Quốc theo Hiệp ước Pháp - Thanh), họ cho tiến hành xây cất công sự bê tông tại các vị trí thuộc phần lãnh thổ của mình sau khi chiến sự kết thúc, chỉ để lại các công sự đất tại phần thuộc Việt Nam, được trao trả theo hiệp định biên giới năm 2009 giữa hai nước.

Hàng nghìn người thuộc cả hai phía thiệt mạng trong cuộc chiến. Tại nghĩa trang quân đội Vị Xuyên ở tỉnh Hà Giang, có hơn 1.600 ngôi mộ liệt sĩ Việt Nam hy sinh trong suốt các giai đoạn cuộc chiến cho tới tận năm 1990.[11][4] Số liệu Việt Nam công bố gần đây ghi nhận khoảng 4.000 bộ đội hy sinh và hơn 9.000 người khác bị thương tại khu vực này trong giai đoạn từ năm 1984 đến 1989.[5] Phía Trung Quốc tuyên bố con số thương vong tương ứng của họ là 4.100, trong đó có hơn 2.000 binh sĩ tử trận.[3]